Tlalocan fue fundada por dos jóvenes estudiosos de las culturas mesoamericanas: Robert Barlow y George T. Smisor. La revista empezó y se mantuvo por varios años sin afiliación institucional académica fija, sino más bien con el apoyo personal de investigadores que deseaban mantenerla vigente. El primer número apareció en 1943, en Sacramento, California, Estados Unidos: The House of Tlaloc. Los cuatro números del volumen I se publicaron, con pequeños tirajes, entre 1943 y 1944.
El Instituto Nacional de Antropología e Historia apoyó la publicación de los números del volumen II de 1945 a 1948, al comprometerse a comprar un número generoso de los ejemplares. Para la publicación del volumen III colaboró el Museo de Historia de San Jacinto. En 1951 falleció Robert Barlow, editor fundador. En ese momento, Fernando Horcasitas asumió el cargo de editor con la colaboración de Ignacio Bernal. A pesar de muchas dificultades, la revista siguió publicándose gracias a los esfuerzos de los editores, especialmente el de Horcasitas, a cierto apoyo del INAH y otras fundaciones y a la ayuda de Doris Heyden y Carolina Czitrom.
Para la publicación de los volúmenes VII y VIII, Ignacio Bernal había tenido que renunciar a su participación, y Horcasitas, que era investigador del Instituto de Investigaciones Antropológicas de la UNAM, le pidió colaboración como coeditor al doctor Miguel León-Portilla quien consiguió el apoyo del Instituto de Investigaciones Históricas, por lo que la revista pasó a ser una publicación coeditada y apoyada por los Institutos de los dos editores. Con ese cambio, además, dejó de aparecer con cuatro números por volumen para convertirse en un solo volumen más grande.
El volumen VIII, publicado en 1980, fue el último editado por Horcasitas y León-Portilla. Para la edición del volumen IX, el doctor León-Portilla invitó a participar como coeditora a Karen Dakin, del Instituto de Investigaciones Filológicas, dirigido en ese tiempo por su fundador, Rubén Bonifaz Nuño, quien tenía mucho interés en la investigación filológica de fuentes y culturas indígenas; la revista pasó entonces a ser coeditada por los Institutos de Investigaciones Históricas y Filológicas, que publicaron conjuntamente, entre 1981 y 1992, tres volúmenes. Sin embargo, después de la publicación del volumen XI, el doctor León-Portilla decidió ceder toda la edición de la revista al nuevamente formado Seminario de Lenguas Indígenas de Filológicas, y Karen Dakin se quedó como directora. El primer volumen, el XII, salió de Filológicas en 1997; el XIII en 2001; el XIV, dedicado a los estudios purépechas, con la editora invitada Frida Villavicencio, en 2004; el XV, coeditado con Rosa Yáñez, de la Universidad de Guadalajara, en 2008, y el XVI, coeditado con Francisco Arellanes, del mismo Seminario de Lenguas Indígenas, en 2009, ya que se está regularizando la periodicidad de la revista.

ISSN: 0185-0989